Il museo per ricchezza di collezioni si colloca in primo piano tra gli istituti similari esistenti in Italia e nel Mediterraneo. La collezione spazia dalle imbarcazioni scavate nei tronchi alle triremi romane, alle galere veneziane, dalle caravelle di Cristoforo Colombo, ai galeoni, dai velieri ai brigantini e alle fregate, dai modelli di grandi dimensioni delle barche della marineria triestina del'800 a quelli dei piroscafi del Lloyd Triestino, dalle navi bianche del 1900 agli yacht da crociera.